仙人掌最大的秘密，就是它的根，因为有它的根，所以才能让仙人掌在干旱地带生活下去。仙人掌的根之所以神秘，是因为不去了解它根本不知道它对于仙人掌有多么重要，因此它的形态，注定是和别的植物根系不同的。

仙人掌的根多半为肉质根或块根，还有些种类的根都会在变态茎上生长出大量的气根，用来攀援和吸收。对此不得不佩服一下仙人掌根的强悍，那就是所到之处寸水不留，就算只有一丁点水分，它也能完全吸走，也正是因为这个特性，所以仙人掌才能在热带沙漠地区生存下来。

不少仙人掌的根已经完全的取代了茎，成为了仙人掌最重要的贮水器官，这些仙人掌的品种是岩牡丹属、长疣球属，还有翅子掌属和块根柱属。